BLUE REFLECTION: Second Light suit les aventures de trois étudiantes, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo, et Yuki Kinjou. Soudainement transportées dans une mystérieuse académie flottante, elles décident de partir à la recherche d’indices pour trouver un moyen de retrouver leur foyer. Dénuées de tout souvenir, elles ne se rappellent plus que de leur nom. Elles découvrent, un jour, un chemin menant à un nouveau monde, mais quand elles essayent d’en percer le mystère, elles sont immédiatement rejointes par une horde de monstres sanguinaires. En affrontant ces viles créatures, elles débloquent ainsi des pouvoirs jusqu’alors inconnus, qui ne font qu’accentuer le caractère énigmatique de leur environnement.