BLUE REFLECTION: Second Light segueix les aventures de tres estudiants, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo, i Yuki Kinjou. De sobte transportades a una misteriosa acadèmia flotant, decideixen anar a la recerca d'indicis per trobar una manera de tornar a casa seva. Desproveïdes de tot record, només recorden el seu nom. Un dia descobreixen un camí que porta a un nou món, però quan intenten desxifrar el misteri, són immediatament unides per una horda de monstres sanguinaris. Enfrontant-se a aquestes viles criatures, desbloquegen poders fins ara desconeguts, que només accentuen el caràcter enigmàtic del seu entorn.